مهدی محمودیان با پایان دوران حبس از زندان اوین آزاد شد.
مهدی محمودیان پس از جنش اعتراضی سبز در سال ۱۳۸۸، به واسطه فعالیت‌های حقوق بشری و سیاسی‌اش دست‌کم چهار بار زندانی شده است. او بهمن‌ماه ۱۴۰۳ در حالی که کمتر از یک سال بود که از زندان آزاد شده بود، دوباره بازداشت و زندانی شد.
اتهام او در این پرونده آخر، فعالیت تبلیغی علیه نظام اعلام شد و قاضی ایمان افشاری او را به هشت ماه زندان، دو سال منع عضویت در احزاب و دسته‌جات، دو سال منع استفاده از تلفن هوشمند و دو سال ممنوعیت خروج از کشور محکوم کرد.
این کنشگر سیاسی و مدنی پس از گذراندن ۸ ماه زندان، بعداز ظهر دوشنبه ۲۴ شهریور ۱۴۰۴ آزاد شد.
در زمان حمله اسرائیل به زندان اوین در خرداد ۱۴۰۴ مهدی محمودیان نیز در اوین زندانی بود. پس از این حمله آقای محمودیان به همراه تعدادی از زندانیان این زندان به زندان تهران بزرگ منتقل شد و حدود دو ماه بعد با بازگشایی زندان اوین به این زندان بازگردانده شد.