یک روز پس از لغو حکم بازگشت مطهره گونه‌ای به دانشگاه، این فعال دانشجویی بازداشت شد.
خبرگزاری میزان بعد از ظهر روز دوشنبه ۱۶ مهر ۱۴۰۳ نوشت: «مطهره گونه‌ای، فعال فضای مجازی با سابقه متعدد توهین و اقدام علیه امنیت ملی و روانی جامعه که در روز‌های اخیر نیز محتوا‌های توهین‌آمیز تولید و منتشر کرده بود به زندان معرفی شد.»
خانم گونه‌ای روز گذشته از احضار خود به دادسرا خبر داده بود. او در توییتی با انتشار برگه احضار الکترونیک خود نوشت که دوشنبه ۱۶ مهر باید جهت بازپرسی برای اتهامات «تبلیغ علیه نظام و توهین به مقامات» به دادسرای فرهنگ و رسانه برود.
علت لغو حکم بازگشت خانم گونه‌ای به دانشگاه یک توئیت او در شبکه ایکس درباره نماز جمعه گذشته به امامت علی خامنه‌ای بود.
این فعال دانشجویی در اعتراض به شرکت «اصلاح‌طلبان» در این نمازجمعه، نوشته بود: «اصلاح‌طلبان صندوقی که امروز از هول هلیم افتادند تو دیگ و دارند میرن نمازجمعه، شرایط امام جمعه، عقل، ایمان، حلال‌زادگی و عدالته. حالا تصمیم با خودتونه ولی این شرایط برای اکثریت مردم ایران محرز نیست. smile به‌طوری که جنگ رو به شما و امامتون ترجیح می‌دهند…»
خانم گونه‌ای در توییت دیگری در توضیح پست بالا نوشت: «”اصلاح‌طلب صندوقی” اصطلاحا کسی است که از انتخابات تحت لوای نظارت استصوابی ج.ا به هرنحوی منتفع میشود و برای حصول نتیجه‌ی مطلوب هرکاری میکند. گاه وعده‌های شاذ و دست نیافتنی می‌دهد و گاهی دیگر حتی مقابل جریان تحول‌خواهی هم قد علم میکند.»
مسعود حبیبی، معاون فرهنگی و دانشجویی وزارت بهداشت ایران امروز درباره لغو حکم بازگشت او به دانشگاه که چندی پیش خبرساز شد، گفت: «مطهره گونه‌ای به دلیل موضع‌گیری اخیر و تخلفاتی که مجددا در فضای مجازی انجام داده به کمیته انضباطی معرفی و حکم بازگشت وی به دانشگاه و ادامه تحصیل لغو شد.»
خانم گونه‌ای پس از محرومیت دوباره از حضور در دانشگاه در شبکه ایکس نوشت: «متاسفانه با اعمال فشار گروه‌های تندرو و برداشت‌های شخصی و ناصواب افراد متعدد از جمله بخشی از اصلاح‌طلبان از نوشته‌های بنده، درحالیکه نیت‌خوانی کردند و انگ زدند، تا اطلاع ثانوی از ادامه تحصیل محروم شده‌ام. امیدوارم که بازگشت سایر دانشجویان به دانشگاه هرچه سریع‌تر تحقق یابد.»
او هم‌چنین نوشت: «اکنون که طی تلاشهای فراوان و همبستگی و انسجام ملی میان دولت وفاق و تکثر نفاق، مشکل اصلی عدم بازگشت دانشجویان، که بنده بودم، حل شد و راه بازگشت را بر رویم بستید، دانشجویان دیگر را بدون قید و شرط و بنابر حق شهروندی و قانونی‌شان به دانشگاه بازگردانید.»
مطهره گونه‌ای، دانشجوی اخراجی دندانپزشکی و دبیر سیاسی پیشین انجمن اسلامی دانشگاه تهران پیشتر به ۵ سال محرومیت از تحصیل روبرو شده بود. پس از روی کار آمدن دولت پزشکیان، حکم محرومیت از تحصیل او لغو شده بود.
او ۴ مهر ۱۴۰۱ در جریان اعتراضات در دانشگاه تهران بازداشت و سه روز بعد آزاد شد. خانم گونه‌ای که دانشجوی سال آخر دکترای عمومی دندانپزشکی دانشگاه علوم پزشکی تهران است، ۲۵ آبان ۱۴۰۱ در نامه‌ای سرگشاده به «اتهامات ناروا» و منع ورودش به دانشگاه اعتراض کرده بود.