وزارت کشور جمهوری اسلامی خواستار انحلال این مجموعه توسط مراجع قضایی شده است.
جمعیت امام علی روز یکشنبه سوم اسفند ۱۳۹۹ در کانال تلگرامی نوشت: «وزارت کشور خواستار انحلال جمعیت امام علی (ع) توسط مراجع قضایی شده است.»
در ادامه اطلاعیه جمعیت امام علی آمده است: «بر اساس ابلاغیه واصله، وزارت کشور دادخواست انحلال جمعیت امام علی را در مرجع قضایی مطرح کرده که موعد رسیدگی آن ۱۲ اسفندماه سال جاری تعیین شده است. با توجه به تعهد همیشگی جمعیت امام‌علی بر رعایت اصل شفافیت، بر خود لازم دانستیم مراتب را به اطلاع ملت شریف ایران به ویژه همراهان همیشگی این جمعیت برسانیم.»
جمعیت امداد دانشجویی مردمی امام علی یکی از بزرگ‌ترین موسسات خیریه غیردولتی در ایران است که سال ۱۳۷۸ فعالیت خود را آغاز و سال ۱۳۷۹ نخستین دفتر رسمی خود را در دانشگاه شریف تاسیس کرد.
این موسسه خیریه از سال ۲۰۱۰ به عضویت شورای اقتصادی و اجتماعی سازمان ملل متحد درآمده و بیش از ده هزار همکار داوطلب در استان‌های مختلف ایران دارد.
سایت جمعیت امام علی همزمان با پلمپ این موسسه از دسترس خارج شده است. جمعیت امام علی در سیزدهم خرداد از حمله سایبری به حساب‌های کاربری چند نفر از اعضای آن خبر داده بود.