مهدی کروبی در نامه‌ای به محمد یزدی، انتقاد تندی را درباره نامه وی به آیت الله شبیری زنجانی مطرح کرد.
به گزارش سحام، متن این نامه بدین شرح است:
جناب آیت الله یزدی
ناظر استصوابی ملت بزرگ ایران و حوزه علمیه
سلام علیکم
از نامه شما به آیت‌الله العظمی آقا شبیری زنجانی و هتک حرمت مرجعیت شیعه و عتاب و خطاب و تهدید یکی از بزرگان علم و تقوا اصلاً تعجب نکردم زیرا هم شما را می‌شناسم و هم سالیان طولانی است که در عمل کلام بلیغ الملک و عقیم را ترجمه و اثبات نمودیم.
می‌دانم که از اوایل دهه هفتاد قرارگاه‌هایی برای انجام خواسته‌های فراقانونی مراکز قدرت به نام امت خودجوش سامان داده شده است و این قرارگاه‌ها روزی به اندک بهانه‌ای سخنرانی عالمی را برهم می‌زدند و روز دیگر به سفارت یا منزل منتقدین و دلسوزان واقعی کشور که سرانجام تلخ امروز را بارها انذار داده بودند حمله می‌کردند.
این قرارگاه‌ها معمولا پیش از اجرای عملیات‌شان اقدام به ریختن آتش تهیه می‌کنند تا به زعم باطل خود زمینه را برای هجوم پیاده نظام شان فراهم سازند. متاسفانه جنابعالی خواسته یا ناخواسته به یکی از فعالترین افراد این مرکز تبدیل شده‌اید و توپخانه‌تان اینبار نه رقبای سیاسی بلکه ساحت مرجعیت را رسماً در بر گرفته است. این امر بخشی از همان پروژه استقلال زدایی حوزه و حاکمیت رعب و ترس در میان علماست که از سال‌ها پیش توسط همان جریان سازماندهی شده و می‌شود. هجوم و اهانت به بیوت مراجعی نظیر مرحوم آیت‌الله العظمی منتظری و آیت‌الله العظمی صانعی به همین منظور انجام شد.
برادر عزیز تا دیر نشده در محکمه وجدان رفتارهای خود را بازخوانی نمایید و بفرمایید که آیا شرکت در جلسه میهمانی‌ایی که شخصیت‌های ارزشمندی نظیر رئیس اسبق جمهور، وزیر اسبق کشور و نماینده امام در سپاه و جهاد و دادستان اسبق کشور و شهردار تهران با سوابق مبارزاتی در رژیم گذشته حضور داشتند جرم است؟
آیا مراجعی نظیر آیات عظام شیخ انصاری، آخوند خراسانی، میرزای شیرازی، سید حسین بروجردی طباطبایی و امام خمینی عظمت و محبوبیت خود را از جمهوری اسلامی و حاکم آن گرفته‌اند یا برعکس این نظام است که همه ی اعتبار خود را از آنان گرفته و این روزها برای حفظ و ماندگاری قدرت در دست اندک افرادی آبرو و اعتبار هزار ساله علمای پاک نهاد شیعه را هزینه چند صباح خود کرده است؟
توصیه می‌کنم به خویشتن خویش برگردید و با بهرگیری از ته‌مانده‌های حریت اعلام عذر تقصیر کنید که نیک می‌دانید ان ربک لبالمرصاد.
مهدی کروبی