در پی انتشار تصاویری از آیت‌الله شبیری زنجانی در مهمانی عبدالله نوری در تهران که محمد خاتمی نیز در آنجا بوده، محمد یزدی نامه تندی به او نوشت و از وی خواست «شئون مرجعیت و احترام نظام اسلامی» را رعایت کند.
متن این نامه محمد یزدی بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
حضرت آیت الله شبیری زنجانی «دامت برکاته»
سلام علیکم
با احترام؛ ضمن عرض ارادت و تسلیت ایام اربعین سید و سالار شهیدان حضرت اباعبدالله الحسین(علیه السلام)، پیرو انتشار تصاویری در فضای مجازی از حضرتعالی در کنار برخی افراد مسئله دار که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام معظم رهبری«دام ظله العالی» احترامی قائل نیستند؛ بدین وسیله به عرض می‌رساند، این موضوع ناراحتی و تعجب مقلدین و حوزویان را در پی داشته است.
لازم به ذکر است، اینجانب نیز در دو مرحله با حضرتعالی مکاتباتی در مورد برخی از مسائل دیگر داشته ام که جواب قانع کننده ای دریافت نکردم؛ لذا این نامه رابه ناچار به صورت سرگشاده خدمتتان ارسال کردم
چگونه می‌شود، حضرتعالی که فرصتی برای ملاقات با هیات رئیسه مجمع عمومی اساتید را ندارید، فرصت می‌کنید در منزل آقایی در تهران حاضر شوید و با این آقایان ملاقات داشته باشید!.
یادآور می‌شوم مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است، پس لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمائید این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد.ان شاء الله
محمد یزدی