روزنامه جام‌جم در ادعایی جدید تحت عنوان چرا ایران در سال ۷۷ به طالبان حمله نکرد، نوشته است: «در آن زمان جلسه فوق‌العاده شورای عالی امنیت ملی تشکیل شد و اکثر اعضای این شورا به ریاست محمد خاتمی به حمله به افغانستان (طالبان) رای دادند و به عنوان مصوبه شورای عالی امنیت ملی برای رهبری ارسال شد. موضوع حمله به طالبان آن قدر جدی بود که هم‌زمان با طی فرآیند در شورای عالی امنیت ملی، ده‌ها هزار نیروی نظامی در مرزهای شرقی کشور مستقر و آماده عملیات شده بودند، لیکن آیت‌الله خامنه‌ای بر خلاف رویه معمول‌شان که مصوبات شورای‌عالی امنیت ملی را تائید می‌کنند، به صورت مستدل با این مصوبه مخالفت کردند و ایران را از ورود به جنگی پرخسارت حفظ کردند.»
مصطفی تاج‌زاده فعال سیاسی و معاون سیاسی وزارت کشور دولت اصلاحات در گفت‌وگو با امتداد ضمن رد ادعای این روزنامه وابسته به صداوسیما گفت:
- بلافاصله پس از کشتار دیپلمات‌های ایرانی توسط طالبان، مرزهای شرقی کشور با نقل و‌انتقالات سنگین نظامی مسلح شد. تا این مرحله همه موافق بودند؛ اقدامی مقتدرانه در واکنش به جنایتی علیه ملت ایران صورت بگیرد.
- اما در مرحله بعد فرماندهان سپاه به شدت خواهان حمله به افغانستان و اشغال هرات بودند. غیرنظامیانی چون علی لاریجانی رییس صدا و سیمای وقت نیز خواهان جنگ و اشغال هرات بودند.
- اما رییس جمهور خاتمی و اعضای کابینه در شورای عالی امنیت ملی شامل وزیر خارجه و نیز دبیر و دبیرخانه شورا و همچنین فرماندهان ارتش مخالف حمله بودند. در نهایت رهبری نظر مخالفان را تایید کرد.
- وزارت خارجه دولت اصلاحات نیز موفق شد حمایت بین‌المللی علیه این جنایت را به نفع ایران جلب کند و این اقدام در آرام کردن فضا موثر بود.