عیسی کلانتری رییس سازمان حفاظت محیط زیست روز اول خرداد ماه درباره ده‌ها فعال محیط زیست که در بازداشت به سر می‌برند گفت: «تاکنون مشخص شده این افراد بدون اینکه کاری بکنند بازداشت شده‌اند.»
عیسی کلانتری در همایش روز جهانی تنوع زیستی در تاریخ اول خرداد ماه اعلام کرد بر اساس تشخیص کمیته چهار نفره هیات دولت «فعالان بازداشت شده باید آزاد شوند چون هیچ سندی برای اثبات تهمت‌هایی که به این افراد زده شده وجود ندارد.»
او همچنین گفت «وزارت اطلاعات به این نتیجه رسیده که هیچ مدرکی دال بر جاسوس بودن این افراد وجود ندارد.»
بلافاصله پس از انتشار فوت کاووس سیدامامی و بازداشت هفت فعال محیط زیست، دادستان تهران و سخنگوی قوه قضاییه در سخنرانی‌های جداگانه اتهام جاسوسی به آنها وارد کردند. همچنین از سوی صداوسیما برنامه‌ای پخش شد که با استفاده از عکس‌ها و فیلم‌های خانوادگی کاووس سیدامامی سعی داشت بگوید او جاسوس بوده و با همکاران دیگرش زیر پوشش برنامه‌های محیط زیست جاسوسی می‌کردند.
تنها نام ۱۵ فعال محیط زیست که بازداشت شده‌اند رسانه‌ای شده است با این حال در تاریخ ۱۷ و ۱۸ اردبیهشت ماه سپاه پاسداران بسیاری دیگر از فعالان محیط زیست و حتی اعضای خانواده‌شان در جنوب ایران را بازداشت کرده‌اند که نام همگی آنها و محل نگهداری‌شان مشخص نیست. مژگان جمشیدی خبرنگار باسابقه حوزه محیط زیست روز ۱۹ اردبیهشت ماه در توییتر خود از ۵۵ فعال محیط زیست بازداشت شده خبر داد.
تاکنون اطلاعات سپاه هیچ پاسخی درباره دلایل این بازداشت‌ها نداده است.
چند روز پس از فوت کاووس سیدامامی فعال محیط زیست و مدیر موسسه «حیات وحش میراث پارسیان»، حسن روحانی رییس جمهور ایران کمیته چهاره نفره‌ای را متشکل از (عبدالرضا رحمانی فضای، سید محمود علوی، علیرضا آوایی و لعیا جنیدی) برای تحقیق درباره علت مرگ کاووس سیدامامی و دیگر فعالان محیط زیست تشکیل داد که تاکنون این هیات اطلاعیه واحد و مشخصی درباره نتایج کار خود اعلام نکرده است.
با این حال سیدمحمود علوی وزیر اطلاعات که یکی از اعضای این کمیته چهار نفره است در دیداری با نمایندگان مجلس اظهار کرده این وزراتخانه هیچ دلیلی برای جاسوسی فعالان محیط زیست بازداشت‌شده نیافته‌اند. محمود صاقی نماینده مجلس روز ۱۸ اربیهشت ماه در توییتر خود نوشت وزیر اطلاعات «صریحا، مستدلا و مستندا اعلام کردند هیچ دلیلی بر جاسوسی آنها نیافته‌اند.»
صادقی در توییترش نوشته بود: «در جلسه دیروز کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی، کارشناسان ضدجاسوسی واجا در پاسخ به نمایندگان اصول‌گرا، که از وزیر اطلاعات درباره علت عدم برخورد با فعالان محیط زیستی سوال کرده بودند، صریحا مستدلا و مستندا اعلام کردند هیچ دلیلی بر جاسوسی آنها نیافته‌اند.»
البته پیام درفشان یکی از وکلای کاووس سیدامامی در گفت‌وگویی با کمپین در تاریخ ۱۷ اردبیهشت ۹۷ گفته بود ظاهرا هنوز اعضای کمیته چهارنفره رییس جمهور با مقاماتی در سپاه نتوانسته‌اند جلسه دیدار بگذارند. او همچنین گفت ازمیان این چهار نفر فقط خانم لعیا جنیدی معاون حقوقی رییس جمهور یک بار با همسر کاووس سیدامامی ملاقات داشته که در آن ملاقات فقط از خاطرات و زندگی سیدامامی گفته شده است.
یکی از موارد جاسوسی که از سوی مقامات قضایی اعلام شد، استفاده از دوربین‌های ۵۰ متری توسط این فعالان محیط زیست بوده اما عیسی کلانتری، رییس سازمان حفاظت محیط زیست روز ۲۵ بهمن ماه ۹۶ گفت: «این دوربین‌ها برای رصد یوزپلنگ‌ها هستند و دید آنها بیشتر از ۵۰ متر نیست و حداکثر برد این دوربین ها ۵۰ متر است.»
پیام درفشان در گفت‌وگویی نیز با خبرگزاری ایسنا در تاریخ ۳۰ اردبیهشت ماه با انتقاد از برنامه مستندی که چند روز پس از فوت کاووس سیدامامی از صداوسیما پخش شد،گفت عوامل این فیلم چوب ماهیگیری که در فیلم‌های شخصی کاووس سیدامامی پیدا کرده بودند را با آنتن جاسوسی اشتباه گرفته بودند: «در کلیپی که در برنامه ۲۰ و ۳۰ پخش شد، آنتنی به نمایش درآمد و توضیح داده شد که آقای سیدامامی از طریق این آنتن اطلاعات سری را به کشورهای بیگانگان ارسال می‌کرده اما در کلیپی که توسط خانواده سیدامامی تهیه شده، مشخص می‌شود آن‌چه به‌عنوان آنتن جاسوسی نمایش داده شد، صرفاً یک چوب ماهیگیری است که خانواده سیدامامی در گردش‌های خارج شهر خود یک رادیو روی این چوب ماهیگیری نصب کرده و رادیو گوش می‌کردند.»
فیروزآبادی مشاور عالی نظامی فرمانده کل قوا روز ۲۴ بهمن ماه مدعی شده بود برخی از جاسوسان حتی به کمک مارمولک، سوسمار و افتاب‌پرست در حوزه اتمی ایران جاسوسی می‌کردند.
رییس سازمان حفاظت محیط زیست در برابر سوال یکی از خبرنگاران که آیا حیواناتی مانند مارمولک می‌توانند تشعشعات اتمی را جذب کنند، گفت: «من در این زمینه اطلاعی ندارم و باید متخصصان امر پاسخگو باشند.»
کاووس سیدامامی، سام رجبی، هومن جوکار، نیلوفر بیانی، مراد طاهباز، طاهر قدیریان، امیرحسین خالقی و سپیده کاشانی، کارکنان و مدیران سابق و فعلی موسسه «حیات وحش میراث پارسیان» هستند که که چهارم و پنجم بهمن ماه بازداشت شدند. دفتر میراث حیات‌وحش پارسیان نیز پس از بازداشت کاووس سیدامامی و همکارانش در تاریخ چهارم بهمن ماه پلمب شد.
پس از مدتی علیرضا فرهاد‌زاده، عکاس و مستندساز حوزه محیط زیست و مرتضی آریانژاد، فعال حوزه حفاظت از طبیعت، محمود صالح احمدی فعال محیط زیست، عبدالرضا کوهپایه، کوهنورد و عکاس طبیعت، حسن راغ، عارف زارغ و محمد زارع همیاران محیط زیست در منطقه بندر لنگه و بستک که فعال در حفاظت از قوچ و میش لارستان بودند نیز بازداشت شدند.
علاوه بر این طی دو روز ۱۷ و ۱۸ اردبیهشت ماه ۹۷ تعداد دیگری از فعالان محیط زیست به اضافه تعدادی از اعضای خانواده آنها در شهرهای لاوردین، بندرلنگه، جناح و بستک در جنوب ایران بازداشت شدند. در میان بازداشتی‌ها پدر محمد و عارف زارع نیز وجود دارند. در حال حاضر علیرضا فرهاد‌زاده و مرتضی آریانژاد با قرار وثیقه آزاد شدند.