شهرام رفیع‌زاده، روزنامه‌نگار که در سال ۱۳۸۳ توسط حفاظت اطلاعات نیروی انتظامی بازداشت شده بود به کمپین حقوق بشر در ایران گفت که «محمدباقر قالیباف پیش از آن که به ریاست جمهوری فکر کند باید به این فکر کند که حقوق شهروندی و حقوق بشر را در دوران فرماندهی‌اش در نیروی انتظامی بارها نقض کرده و باید درباره نقاط تاریک کاری خودش توضیح بدهد.»
آقای رفیع زاده به کمپین گفت: «آقای قالیباف باید عذرخواهی کند به خاطر موارد متعددی که حقوق شهروندان و زندگی شهروندان را نابود کرد و پس از آن شعارهایی درباره ایران سربلند و ایران آزاد و رفاه نسبی برای مردم بدهد.»
محمدباقر قالیباف، شهردار فعلی تهران یکی از نامزدهای انتخابات ریاست جمهوری در ایران است که ۲۹ اردیبهشت ماه ۱۳۹۶ برگزار خواهد شد. او از سال ۱۳۷۹ تا سال ۱۳۸۴ فرمانده نیروی انتظامی ایران بود و بسیاری از روزنامه نگاران، وبلاگ نویسان، هنرمندان و روشنفکران، در دوران فرماندهی او در نیروی انتظامی توسط اداره اماکن و حفاظت اطلاعات این نیرو، احضار و یا بازداشت شده اند.
شهرام رفیع‌زاده، روزنامه نگار، به کمپین گفت: «آقای قالیباف فرمانده نهادی هم که ما را بازداشت کرده بود، بازداشتگاه مخفی هم که در میدان جوانان ما نگهداری می شدیم متعلق به نیروی انتظامی بود بنابراین آقای قالیباف به طور مستقیم در جریان آن چیزی که در آنجا اتفاق می افتاد بود و زیر نظر اقای قالیباف بود.»
شهرام رفیع‌زاده به اتفاق، امید معماریان، حنیف مزروعی، مسعود قریشی، روزبه میرابراهیمی، آرش نادرپور، رضا وطن‌خواه، محبوبه عباسقلی زاده و فرشته قاضی از جمله کسانی بودند که در پرونده معروف به وبلاگ نویسان و سایت های اینترنتی بازداشت و در بازداشتگاهی مخفی که متعلق به نیروی انتظامی بود زندانی شدند. هرچند پرونده های آنها دست سعید مرتضوی، دادستان وقت تهران و صابر ظفرقندی، رئیس دادسرای فرودگاه بود اما نهادی که آنها را بازداشت کرد نیروی انتظامی بود.
شهرام رفیع‌زاده به کمپین گفت: «نکته مهمی که وجود دارد این است که ما تنها کسانی نیستیم که در دوران فرماندهی آقای قالیباف در نیروی انتظامی، بازداشت شدیم بلکه پیش از ما دو پرونده دیگر هم در اداره امکان نیروی انتظامی تشکیل شد و دهها نفر بازداشت شدند. اولین پرونده، سینمایی نویس‌ها بود که تعداد زیادی از روزنامه نگاران سینمایی نویس و منتقد سینما بازداشت شدند و بسیاری از کسانی که در آن پرونده بازداشت شدند سرنوشت های بسیار وحشتناکی پیدا کردند. یکی از آنها کامبیز کاهه بود که از آن زمان به بعد هیج اثری از او در رسانه‌های سینمایی ندیدم. سرنوشت تلخ تر از ان سیامک پورزند بود که به اعترافات اجباری وادار شد توسط همین اداره اماکن نیروی انتظامی که پوششی بود برای اطلاعات موازی که شاخه اجرایی‌اش تحت نظر آقای قالیباف و حفاظت اطلاعات نیروی انتظامی فعالیت می‌کرد و سرنوشت آقای سیامک پورزند را هم همه می‌دانیم که جان خودش را از دست داد.»
سیامک پورزند که در دادگاه غیرعلنی به ۱۱ سال حبس محکوم شده بود و به دلیل بیماری‌های متعدد و کهولت سن در خانه اش زیر نظر ماموران امنیتی در حصر بود در تاریخ ۹ اربیهشت ۱۳۹۰ در سن ۸۰ سالگی خود را از طبقه ششم محل سکونتش به خیابان پرتاب کرد. مهرانگیز کار، حقوقدان و همسر سیامک پورزند به کمپین گفته است که بازداشت آقای پورزند و اعتراف‌گیری زیر شکنجه از او که مقدمه‌ای برای احضار بقیه هنرمندان و روزنامه نگاران شده زیر نظر آقای قالیباف به عنوان فرمانده نیروی انتظامی در آن زمان انجام گرفته است.
شهرام رفیع زاده که در هنگام دستگیری در سال ۱۳۸۳ دبیر فرهنگی روزنامه اعتماد بود به کمپین گفت: «پرونده بعدی هم پرونده روزنامه نگاران اقتصادی بود. آقای قالیباف و نیروی انتظامی که تحت نظر ایشان بود شاخه اطلاعات موازی در آن مقطع بودند و صدها نفر را در اداره امکان احضار و بازجویی کردند بسیاری از انها چهره های شناخته شده بودند از آیدین آغداشلو تا محمد بلوری که از روزنامه نگاران سرشناس ایرانی است تا خیلی های دیگر.»
پرونده وبلاگ نویسان و سایت های اینترنتی یکی از پرونده های جنجالی در ایران بود که واکنش های بسیاری ایجاد کرد. متهمان این پرونده در بازداشتگاهی مخفی برای تن دادن به اعترافات اجباری، تحت شکنجه‌های فیزیکی و روانی قرار گرفته بودند. محمدباقر قالیباف که بازداشتگاه مخفی متعلق به نهاد تحت فرماندهی او بود هیچ گاه مسولیت رفتارهایی که در این بازداشتگاه صورت گرفته بود را نپذیرفت و عذرخواهی نکرد.
شهرام رفیع زاده به کمپین گفت: «بعد از آزادی ما، آقای قالیباف که کاندیدای ریاست جمهوری شده بود در یکی از سخنرانی‌هایش در دانشگاه مورد پرسش حنیف مزروعی که در همان پرونده با ما بازداشت شده بود قرار گرفت و گفت که ماموران من کار خلافی انجام نداده اند. هنگامی که ما بازداشت بودیم ماموران نیروی انتظامی هنگامی که ما را بعد از ۲ ماه بازداشت برای تفهیم اتهام به دادسرای فرودگاه برده بودند در حالیکه هم دست های ما و هم چشم‌های ما بسته بود داخل ون که ما بودیم گاز اشک آور و گاز فلفل زدند. ماه رمضان و هنگام اذان مغرب بود. آقای قالیباف به جای عذرخواهی، از عمل ماموران خودش دفاع کرده و گفته بود که البته چون ماه رمضان بود درست نبود و این افراد قصد داشتند شلوغ کنند و برای همین گاز اشک‌آور زده اند. در حالیکه ما ۷ – ۸ نفر را کرده بودند توی ون و دستها و چشم‌های ما بسته بود و این واقعیت نداشت. بنابراین ما به هیچ وجه نمی‌توانستیم در میان آن همه مامور شلوغ کنیم. این آنکار آقای قالیباف و دروغی که گفت ما را وادار کرد تعدادی از دوستانی که در آن ماشین بودیم نامه ای نوشتیم به آقای قالیباف و یادآوری کردیم که به رغم اینکه از نیروی انتظامی کنار رفته و کاندیدای ریاست جمهوری شده همچنان با خوی نظامی گری و فرماندهی در حال حرف زدن است و نکته ای که بیان کرده سرتاسر دروغ است.»
در نامه ای که آقای رفیع زاده اشاره دارد، تعدادی از متهمان پرونده وبلاگ نویسان و سایت های اینترنتی خطاب به محمدباقر قالیباف نوشته بودند: «دفاع شما از ماموران زیر مجموعه‌تان، دفاع از متخلفان است. متخلفانی که هیات منتخب ریاست محترم قوه قضائیه نیز بر آن اذعان دارد. آیا اینگونه می خواهید بر مسند مقامی تکیه زنید که حاضر نیستید حتی تخلفات محرز نیروهای تحت فرمانتان را بپذیرید؟»
شهرام رفیع زاده به کمپین گفت: «آقای قالیباف غیر از آن سخنرانی، یک بار دیگر هم آن حرف‌ها را تکرار کرد. حداکثر چیزی که پذیرفت این بود که چون ماه رمضان بود بهتر بود که ماموران این گاز را نمی‌زدند. یعنی گاز اشک آور را پذیرفت و هرگز عذرخواهی نکرد و توضیح هم نداد به رغم اینکه آن پرونده، پرونده‌ای جنجالی شده بود و تقریبا اغلب کسانی که در آن پرونده بازداشت شدند بارها نحوه بازجویی‌ها و شکنجه‌ها و همکاری ماموران تحت نظر آقای قالیباف با سعید مرتضوی و آن بازداشتگاه را مطرح کردند اقای قالیباف حاضر نشد توضیحی بدهد یا عذرخواهی کند در حالیکه آقای شاهرودی که رئیس قوه قضائیه بود با تعدادی از متهمان ملاقات کرد پرونده را از سعید مرتضوی گرفت.»
حنیف مزروعی، دیگر روزنامه نگاری که در پرونده وبلاگ نویسان و سایت های اینترنتی بازداشت شده بود بعد از آزادی با محمدباقر قالیباف دیدار کرده بود. او در مصاحبه با کمپین گفت: «دیداری که ما داشتیم آقای قالیباف هنوز فرمانده نیروی انتظامی بود و کاندیدای انتخابات ریاست جمهوری در سال ۸۴ نشده بود. در دیدار ما ۶ نفر بودیم من و مسعود قریشی از پرونده وبلاگ نویسان در تهران، هادی قابل که از طرف بچه های وبلاگ نویس که در قم بازداشت شده بودند آمده بود و سه نفر دیگر هم حضور داشتند که در این دیدار هرکدام از ما که زندان بودیم چه بچه های قم و چه ما ، وضعیت را تعریف کردیم رفتارها و بازجو و قضیه استفاده از گاز اشک‌آور که در ماشین را بستند و گاز اشک‌آور زدند همه را تعریف کردیم.»
به گفته حنیف مزروعی، آقای قالیباف در این دیدار تایید کرده بود که بازداشتگاه مخفی متعلق به نیروی انتظامی بود و بازجوی پرونده وبلاگ نویسان و سایت‌های اینترنتی هم از این نهاد بود. آقای مزروعی به کمپین گفت: «پدرم نامه‌ای نوشته بود به آقای خاتمی و او دستور داده بود به وزیر کشور که پیگیری کند این زندان کجاست. آقای قالیباف به ما گفت بعد از دستور وزیر کشور ما تایید کردیم که این زندان متعلق نیروی انتظامی است و متهمان حفاظت اطلاعات را به این بازداشتگاه می آوردند و زندان خصوصی برای نیروهای خودشان بوده. ایشان گفت که من پیگیری می کنم و بازجو را توبیخ می کنیم.»
حنیف مزروعی به کمپین گفت: «بعد از اینکه آقای قالیباف وارد کارزار انتخابات ۸۴ شد در دو مقطع اعلام کرد که در جریان بازداشت، مقصر خود ما بودیم در جریان گاز اشک‌آور ما رفتار غیرامنیتی انجام داده بودیم و مجبور شدند گاز اشک‌آور بزنند. من خبردار شدم قرار است برود دانشکده فنی برای سخنرانی و به عنوان خبرنگار رفتم سوال کردم گفت شما دروغ می‌گویید من اصلا چنین حرف هایی در آن جلسه نزدم.»
حنیف مزروعی پس از ان نامه‌ای سرگشاده خطاب به محمدباقر قالیباف نوشت و اعلام کرد: «ایشان درباره پرونده وبلاگ نویسان گفته با یکایک آن افراد جلسه گذاشتم و کار را پیگیری کردم و آن گونه که انعکاس یافته بود در ناجا ضرب و شتم شده، نبوده است. اما در دیدار با ایشان فقط دو نفر از افراد بازداشتی مرتبط با پرونده وبلاگ نویسان تهران حضور داشتند و در جریان دیدار اینجانب و مسعود قریشی با ایشان در سمت فرماندهی نیروی انتظامی، ایشان صریحاً پذیرفتند که مأمور بازجویی ما از افراد این نیرو و پرسنل ناجا بوده است و آن زندان یا بازداشتگاه تحت نظر نیروی انتظامی بوده است. نمی دانم چرا ایشان اکنون که از فرماندهی نیروی انتظامی استعفا داده اند در توجیه اقدامات گذشته ناجا به جای پاسخگویی در این زمینه که در خصوص رفتارهای متعدد خلاف قانون که دراین پرونده صورت گرفته چه کرده اند و نتیجه قول‌هایی که در دیدارشان داده‌اند به کجا انجامید، سخن دیگری گفته‌اند و نیروی تحت امرشان را تبرئه کرده‌اند.
محمدباقر قالیباف یکی از نامزدهای ریاست جمهوری در سال ۱۳۹۲ نیز بود که در یکی از سخنرانی‌هایش صحبتی کرد که به جنجال خبری علیه خودش تبدیل شد. او در دفاع از عملکردش به عنوان فرماندهان نیروی هوایی در مقابل اعتراضات دانشجویی ۱۸ تیر۱۳۷۸ گفته بود در کف خیابان معترضان را با چوب کتک می‌زده و جزو چوب زن‌ها بوده است. او گفته بود: «عکس من الان روی موتور ۱۰۰۰ با چوب هست. با حسین خالقی. ایستادم کف خیابان که کف خیابان را جمع کنم. آن جایی که لازم باشد بیاییم کف خیابان و چوب بزنیم، جزو چوب زن‌ها هستیم. افتخار هم می‌کنیم. نگاه نکردم که من، سردار و فرمانده نیروی هوایی هستم و تو را چه به کف خیابان؟»
قالیباف پس از اعتراضات مردم در پی نتایج انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸، این اعتراضات را «حادثه شیطانی» نامید و با محکوم کردن آن گفت: «مسببان این اتفاقات و علی‌الخصوص سران فتنه نه بلوغ سیاسی دارند نه دین دارند و نه عقل؛ و از منظر ملت شریف ایران، گناه عملکرد آنان مشابه و مترادف کسانی است که هم اکنون ما آنها را به نام منافقین می‌شناسیم.»