حسن روحانی، رییس جمهور، روز پنجشنبه ( ۹ اردیبهشت/ ۲۸ آویل) در سخنرانی خود به مناسبت روز ملی شوراهای شهر و روستا در ایران درباره دخالت غیرقانونی شورای نگهبان در نتایج انتخابات اصفهان موضع‌گیری کرد. روحانی گفت: «براساس قانون اساسی هر نماینده‌ای که از هر حوزه انتخابیه انتخاب می‌شود پس از رای آوردن، اعتبارنامه آن باید در مجلس شورای اسلامی بررسی شود و هیچ نهاد دیگری نمی‌تواند در آن مداخله کند.»
این اشاره صریح روحانی به مینو خالقی، منتخب سوم اصفهان است. شورای نگبهان انتخابات اصفهان را تایید کرده اما آرای خانم خالقی را باطل کرده است. این در حالی که حقوق‌دانان در این باره متفق‌القولند که شورای نگهبان نمی‌تواند آرای نماینده‌ای را پس انتخاب و تایید انتخابات باطل کند. حقوق‌دانان می‌گویند اگر در پرونده فرد منتخبی ابهامی هست بر عهده مجلس تازه است که در بررسی اعتبارنامه او به این ابهام رسیدگی کند.
در اینجا آنچه که قابل توجه است آن است که وزارت کشور علیرغم آگاهی به این روند قانونی، از صدور اعتبار نامه مینو خالقی خودداری می‌کند و برای توجیه کار خود به‌طور مصنوعی ابهام‌آفرینی می‌کند. رحمانی فضلی می‌گوید: «بین تصمیم ما و شورای نگهبان تفاوت وجود دارد. محل حل این اختلاف هم مجلس است. نمایندگان باید استفساریه تهیه کرده و در مجلس پرسیده شود که در این شرایط نظر شورای نگهبان درست است یا وزارت کشور. در واقع این پیشنهاد ما برای حل این مشکل است و مجلس می‌تواند محل تفسیر قانون باشد. البته هنوز مجلس در این باره موضع‌گیری نکرده و اگر این پیشنهاد را پیگیری نکند مینو خالقی نمی‌تواند به مجلس راه یابد».
در واقع وزیر ادعا می‌کند که قانون درباره وضعیت مینو خالقی ابهام دارد و این ابهام باید از طریق مجلس «تهیه استفساریه» برطرف شود. رحمانی فضلی خوب می‌داند که تفسیر قانون در انحصار شورای نگهبان است و اگر کار به «تهیه استفساریه» بکشد، شورای نگهبان وارد شده و جلوی ورود مینو خالقی به مجلس را خواهد گرد.
رحمانی فضلی در برنامهٔ «نگاه یک» گفته است، «برخی وزارت کشور را به قانون‌گریزی دعوت می‌کنند اما وزارت کشور با زور و فشار این افراد اقدام غیرقانونی انجام نمی‌دهد».
حسن روحانی با موضع‌گیری صریح خود نشان داد که آنچه رحمانی فضلی دست‌کم در مورد منتخب سوم اصفهان می‌گوید و عمل می‌کند, نه موضع قانون است و نه موضوع دولت و اگر وزیر کشور همچنان از صدور اعتبارنامه خالقی خودداری کند، به معنای آن خواهد بود که در مقابل نظر و خواست رئیس جمهور و دولت ایستاده است.