آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به درخواست علی مطهری برای پایان داده به بازداشت خانگی میرحسین موسوی و مهدی کروبی، بر ادامه حصر آنها اصرار ورزیده و گفته جرم اینها بزرگ است و اگر آیت‌الله خمینی بود شدیدتر برخورد می‌کرد.
خامنه‌ای که از پرسش علی مطهری درباره وضعیت رهبران اسیر جنبش سبز ناراحت بوده، کنایه توهین‌آمیزی هم به این نماینده مجلس زده و گفته «من قبلا درباره بصیرت صحبت کرده‌ام و این که نباید راه شهدا و راه انقلاب را گم کنیم.»
جنبش سبز، جنبش اعتراض به کودتای علی خامنه‌ای و سپاه پاسداران علیه مردم و دزدیدن آرای مردم در انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ بود. ۵ سال پس از این تقلب بزرگ، انتشار ویدیوی سخنرانی محمدعلی جعفری، فرمانده سپاه درباره جزییات دخالت سپاه در این انتخابات، اعتراف آشکاری از سوی او به سازماندهی این کودتا بود.
محمدعلی جعفری در این سخنرانی از عزم جزم سپاه برای جلوگیری از پیروزی میرحسین موسوی در انتخابات ریاست‌جمهوری ۸۸ سخن می‌گوید. او در این سخنرانی به نقش اساسی سپاه در بازداشت‌های غیرقانونی و گسترده معترضان به نتیجه انتخابات اعتراف می‌کند و مسئولیت قطع اینترنت، اخلال در شبکه تلفن همراه و اس‌ام‌اس در آن دوران را بر عهده می‌گیرد.
میرحسین موسوی و همسرش زهرا رهنورد و نیز مهدی کروبی از بهمن‌ماه ۱۳۸۹ به دستور خامنه‌ای در بازداشت خانگی به سر می‌برند.
علی مطهری در باره دیدار اخیر خود با خامنه‌ای به پرسش خبرگزاری خبرآنلاین توضیح داده است.
پرسش خبرآنلاین:
«در برخی سایتهای خبری، از ملاقات شما با مقام معظم رهبری و مطرح شدن مسئله حصر خانگی و پاسخ ایشان سخن گفته‌اند، می‌خواستم شرح قضیه را از زبان شما بشنوم.»
پاسخ مطهری:
«سه هفته پیش از طرف فراکسیون شاهد مجلس یعنی فراکسیونی که شامل نمایندگان فرزند شهید می‌شود اعلام شد که وقت ملاقاتی با رهبر انقلاب گرفته شده، من هم همراه فراکسیون رفتم. در آنجا چند گروه دیگر هم حضور داشتند، مثل سازندگان فیلم شیار ۱۴۳ و برگزارکنندگان کنگره شهدای بازار و دست اندرکاران فناوری سلولهای بنیادین. چند نفر صحبت کردند و مقام رهبری در ارتباط با صحبت آنها مطالبی گفتند. من هم درخواست وقت کردم و دو مطلب را گفتم، یک مطلب فرهنگی و دیگر درباره مسئله حصر خانگی. گفتم از نظر من و بسیاری از افراد، ادامه حصر خانگی آقایان موسوی و کروبی به نفع کشور و انقلاب نیست و ضرورتی ندارد. اگر یکی از این دو در این حال از دنیا برود، مسئله به صورت یک غده چرکین برای جمهوری اسلامی باقی می‌ماند. از جناب عالی درخواست می‌کنم که به قوه قضائیه دستور بدهید که این موضوع را تمام کنند. اگر لازم است محاکمه شوند، همراه سایر اطراف ماجرا محاکمه شوند و به قضیه خاتمه داده شود.
ایشان فرمودند: «من قبلا درباره بصیرت صحبت کرده‌ام و این که نباید راه شهدا و راه انقلاب را گم کنیم. جرم اینها بزرگ است و اگر امام بودند شدیدتر برخورد می‌کردند. اگر اینها محاکمه شوند حکمشان خیلی سنگین خواهد بود و قطعا شما راضی نخواهید بود. ما اکنون به اینها ملاطفت کرده‌ایم.
البته آن جلسه برای گفت و گوی بیشتر مناسب نبود.»